L’acétonitrile est un solvant polaire aprotique incontournable en biochimie et en chimie analytique, apprécié pour sa faible nucléophilicité, sa transparence en UV et son fort pouvoir éluant pour les analytes hydrophobes dans les systèmes chromatographiques. Ses propriétés physicochimiques le rendent particulièrement adapté aux protocoles analytiques à haute résolution nécessitant reproductibilité et faible bruit de fond.

Propriétés chimiques

L’acétonitrile (CH₃CN) présente une structure moléculaire linéaire caractérisée par une triple liaison C≡N, générant des angles de liaison de 180° et un moment dipolaire de 3,92 D en raison de la forte électronégativité de l’azote. Il possède un point d’ébullition de 81–82°C, un point de fusion de −45°C et une densité de 0,786 g/mL. Avec une constante diélectrique de 37,5, il est totalement miscible à l’eau, aux alcools et au chloroforme, tout en restant incapable de donner un proton.

L’acétonitrile de grade HPLC (>99,9 %) limite la présence de contaminants traces tels que l’ammoniac ou l’eau (<0,03 %), garantissant des lignes de base stables et des gradients de solvants hautement reproductibles dans les applications analytiques.

Applications biochimiques

En biologie moléculaire et en biochimie analytique, l’acétonitrile est largement utilisé en HPLC en phase inverse pour la purification des peptides, des oligonucléotides et des bibliothèques de séquençage de nouvelle génération (NGS). Des systèmes de gradient allant de 5 à 95 % permettent une séparation efficace des glucides, des lipides et d’autres biomolécules selon leur hydrophobicité.

Il est également employé en métabolomique pour l’extraction des métabolites intracellulaires avant analyse par spectrométrie de masse, facilitant le profilage des voies métaboliques et les études de criblage non ciblé. Dans les flux de travail en protéomique, l’acétonitrile favorise la précipitation des protéines à partir de lysats cellulaires et complète l’acétone dans les protocoles de préparation d’échantillons.

En virologie et dans les essais basés sur l’ELISA, de faibles concentrations (10–20 %) contribuent à maintenir la stabilité des gradients chromatographiques sans dénaturer les anticorps, tout en offrant une transparence UV supérieure dans la gamme 190–210 nm comparativement au méthanol.