Chromosomenzählsonden sind für die Identifizierung und Zählung menschlicher Chromosomen bestimmt in Interphase-Zellen und als Ergänzung zur Standard-Karyotypisierung in Metaphasen. Diese Sonden erzeugen scharfe, helle Signale, die für jedes einzelne Chromosom spezifisch sind. 

Da mehrere Chromosomen dieselben repetitiven Sequenzen aufweisen, die zu Kreuzhybridisierungssignalen führen, können sie nicht durch zentromerspezifische Sonden unterschieden werden. Stattdessen können diese Chromosomen durch direkt markierte spezifische Sonden identifiziert werden, die in unmittelbarer Nähe zu den jeweiligen Satelliten-DNA-Sequenzen oder zu anderen chromosomenspezifischen Loci hybridisieren.

Die 21q22-Sonde hybridisiert mit der so genannten kritischen Down-Syndrom-Region auf 21q22.13-q22.2, die in Fällen mit partieller Trisomie 21 häufig verdoppelt ist. Die Region bei 21q22 umfasst die DSCR4 (Down-Syndrom kritische Region 4). Da die Chromosomen 13 und 21 dieselben repetitiven Sequenzen aufweisen, können sie mit Sonden, die zentromerspezifische Wiederholungen erkennen, nicht unterschieden werden.