Sekundäre Antikörper können basierend auf ihrer Spezifität klassifiziert werden, die entweder breit oder eng sein kann, sowie auf ihrem Fragmenttyp, der ganz, F(ab) oder F(ab')2 sein kann.

Das Prinzip von F(ab')2 besteht darin, divalente Antikörperfragmente zu erzeugen, die die antigenbindenden Fab-Teile ganzer IgG-Antikörper beibehalten, während der größte Teil der Fc-Region entfernt wird.

F(ab')2-Fragmente werden durch Pepsinverdauung ganzer IgG-Antikörper erzeugt, um die Gelenkregion zu spalten und einen Teil der Fc-Region intakt zu lassen. Die resultierenden Fragmente haben zwei antigenbindende Fab-Teile, die durch Disulfidbrücken miteinander verbunden sind, wodurch sie divalent werden und ein Molekulargewicht von etwa 110 kDa haben. Die Verwendung von F(ab')2-Fragmenten bietet mehrere Vorteile gegenüber ganzen IgG-Antikörpern, einschließlich besserer Penetration in Gewebe, reduzierter unspezifischer Bindung an Fc-Rezeptoren auf lebenden Zellen oder an Protein A/G und der Fähigkeit, Antigene zu präzipitieren. F(ab')2-Fragmente sind jedoch nicht für die Blockierung zu empfehlen, da sie zwei Bindungsstellen haben, die dazu verwendet werden können, den primären Antikörper zu fangen, der anschließend eingeführt wird. Die Herstellung von F(ab')2-Fragmente erfolgt durch Pepsinverdauung ganzer IgG-Antikörper, gefolgt von der Reinigung mit Techniken wie FPLC mit DEAE-