LymphoTranscript zum Nachweis von über 50 Fusionstranskripten

Die Genetik des peripheren T-Zell-Lymphoms (PTCL) ist komplex und umfasst zahlreiche rekurrente Fusions-Transkripte, die in den letzten Jahren durch Hochdurchsatz-Sequenzierung identifiziert wurden. Trotz dieser Fortschritte ist weiterhin keine erschwingliche und schnelle Methode für deren gleichzeitigen Nachweis in klinischen Proben verfügbar.

Der LymphoTranscript ermöglicht den Nachweis von Fusions-Transkripten, die mit peripheren T-Zell-Lymphomen assoziiert sind, in einem einzigen Test. Es handelt sich hierbei um einen kostengünstigen Assay.

Der Assay nutzt eine ligationsabhängige RT-PCR-Methode (LD-RT-PCR), eine semiquantitative Technik, die die gleichzeitige Analyse von chromosomalen Translokationen und somatischen Mutationen ermöglicht. Dies wird durch den Einsatz von Oligonukleotid-Sondenpaaren erreicht, die gezielt auf jeden Marker abgestimmt sind.

Ein einfaches und schnelles Protokoll 

Der In-vitro-Test umfasst vier Schritte bei einer Gesamtdauer von etwa einem halben Tag, einschließlich 1 bis 1,5 Stunden Hands-on-Zeit.

Die NGS-Sequenzierung erfordert nur 100.000 Reads pro Probe.

Zudem kann der LymphoTranscript-Test zusammen mit anderen Bibliotheken sequenziert werden, wobei die Barcodes im Kit enthalten sind.

Analyse nach der Sequenzierung 

Nach der Sequenzierung erleichtert die Online-Analyseplattform RT-MIS die automatisierte Analyse von FASTQ-Dateien. Sie generiert anschließend eine Liste der in der biologischen Probe nachgewiesenen Fusionen zusammen mit den entsprechenden quantitativen Daten. RT-MIS stellt außerdem die relevante Fachliteratur für diese Fusionen bereit.

Somit bietet RT-MIS den Anwendern eine einfache, schnelle und sichere Lösung.

Eigenschaften von LymphoTranscript 

 
Anwendungsbereich Nachweis von Fusions-Transkripten
Handhabungsdauer ≃4h vor der Sequenzierung
Probenarten Frische, gefrorene oder fixierte und in Paraffin eingebettete Gewebebiopsien
Eingangsmenge Zwischen 50 und 500ng in einem Volumen von 2μL
Inhalt des Reagenzienkits Sonden gegen Fusions-Transkripte, somatische Mutationen und HTLV1-Virus, Barcodes, Sequenzierungsprimer

 

Produktdetails 

 

Kat.-Nr. Beschreibung Menge
GEP-LT08 LymphoTranscript Kit  8 Reaktionen 
GEP-LT16 LymphoTranscript Kit 16 Reaktionen 
GEP-LT24 LymphoTranscript Kit  24 Reaktionen