La autofagia es un proceso celular crítico que implica la descomposición y digestión de componentes intracelulares por el lisosoma. Este proceso no sólo permite a las células movilizar y reciclar eficazmente los componentes celulares, sino que también evita la acumulación de orgánulos dañados, proteínas mal plegadas y microorganismos invasores. La autofagia es un proceso de varios pasos que comienza con el secuestro de orgánulos y proteínas citoplasmáticas. Estos componentes celulares son secuestrados por una doble membrana, formando un autofagosoma.
La relación entre autofagia y apoptosis es compleja. Ambas vías comparten estímulos y componentes comunes, y pueden regular la actividad de la otra. Sin embargo, los factores y mecanismos específicos que dictan la elección entre autofagia y apoptosis siguen sin estar claros.
Para medir la autofagia y la citotoxicidad, se pueden utilizar kits que utilizan monodansilcadaverina (MDC), un compuesto fluorescente que se incorpora a los cuerpos multilamelares tanto por un mecanismo de atrapamiento de iones como por la interacción con lípidos de membrana, como sonda para la detección de vacuolas autofágicas en células cultivadas. El yoduro de propidio se utiliza como marcador de la muerte celular.