Il cDNA di ratto (DNA complementare) è una copia di DNA di molecole di RNA derivate da campioni biologici di Rattus norvegicus e generate mediante trascrizione inversa. Poiché il cDNA deriva dall’RNA e non dal DNA genomico, fornisce informazioni di sequenza corrispondenti ai trascritti presenti nel campione di partenza, comprese le regioni codificanti dei trascritti codificanti proteine e le sequenze di RNA non codificanti. Il cDNA è ampiamente utilizzato in biologia molecolare per supportare l’analisi dell’espressione genica, la caratterizzazione dei trascritti, il sequenziamento e la clonazione.

Gli studi sul trascrittoma di ratto hanno identificato una sostanziale diversità di trascritti associata ai tessuti e un processing alternativo dell’RNA, supportando l’uso di risorse di cDNA di ratto per la ricerca sui trascritti e la genomica funzionale. Tuttavia, la rappresentazione del cDNA può essere influenzata dall’input di RNA, dalla selezione dei primer, dall’attività della trascrittasi inversa e da altri fattori sperimentali, per cui non deve essere considerata una rappresentazione quantitativa esatta della popolazione di RNA originale.

Caratteristiche principali

• Sequenza specifica di ratto : Derivata da RNA di Rattus norvegicus per studi molecolari specie-specifici.

• Rappresentazione dei trascritti : Fornisce copie di DNA di sequenze derivate da RNA e può supportare l’analisi della struttura dei trascritti, delle varianti di splicing e della diversità dei trascritti.

• Compatibilità con la biologia molecolare : Applicabile all’amplificazione PCR, al sequenziamento, alla clonazione e ad altri flussi di lavoro basati su DNA.

• Accesso alle sequenze codificanti : Può fornire sequenze di regioni codificanti di trascritti codificanti proteine per studi molecolari e funzionali successivi.

Usi di ricerca abituali

• Analisi dell’espressione genica : Il cDNA è comunemente utilizzato come template per RT-qPCR e flussi di lavoro correlati di quantificazione dei trascritti.

• Analisi di trascritti e isoforme : Supporta l’indagine sulla struttura dei trascritti, lo splicing alternativo e la diversità dei trascritti.

• Clonazione ed espressione genica : Consente l’isolamento o la clonazione di sequenze codificanti per la caratterizzazione funzionale e studi di espressione proteica eterologa.

• Sequenziamento e trascrittomica : Il cDNA è utilizzato come intermediario in molti flussi di lavoro di preparazione di librerie RNA-seq e di trascrittoma, sebbene alcuni approcci di sequenziamento utilizzino il sequenziamento diretto dell’RNA.