Il digiuno è parte del sistema digestivo ed è la parte centrale dell'intestino tenue. Le altre due parti dell'intestino tenue sono il duodeno e l'ileo. Pertanto, il digiuno si trova tra il duodeno a valle e l'ileo a monte. L'ileo e il digiuno costituiscono la maggior parte dell'intestino tenue e la parte mobile dell'intestino tenue. Il digiuno è lungo circa 2 metri e ha un diametro da 2 a 4 centimetri. È vascularizzato dall'arteria mesenterica superiore e i muscoli lisci sono controllati dal sistema nervoso autonomo. Il pH è di circa 7 a 8.

La parete interna del digiuno è composta da una mucosa rivestita con numerosi piegamenti, che consentono una migliore assorbimento di lipidi, carboidrati e proteine grazie all'aumento dell'area superficiale totale interna. È quindi formata da una muscolare con fibre interne circolari e fibre esterne longitudinali.