L'autofagia è un processo cellulare critico che prevede la scomposizione e la digestione dei componenti intracellulari da parte del lisosoma. Questo processo non solo consente alle cellule di mobilitare e riciclare efficacemente i componenti cellulari, ma impedisce anche l'accumulo di organelli danneggiati, proteine mal ripiegate e microrganismi invasori. L'autofagia è un processo a più fasi che inizia con il sequestro di organelli e proteine citoplasmatiche. Questi componenti cellulari vengono sequestrati da una doppia membrana, formando un autofagosoma.
Il rapporto tra autofagia e apoptosi è complesso. Entrambe le vie condividono stimoli e componenti comuni e possono regolare l'attività dell'altra. Tuttavia, i fattori e i meccanismi specifici che dettano la scelta tra autofagia e apoptosi rimangono poco chiari.
Per misurare l'autofagia e la citotossicità, si possono usare kit che utilizzano la monodansilcadaverina (MDC), un composto fluorescente che viene incorporato nei corpi multilamellari sia da un meccanismo di intrappolamento ionico che dall'interazione con i lipidi di membrana, come sonda per il rilevamento dei vacuoli autofagici nelle cellule in coltura. Lo ioduro di propidio viene utilizzato come marcatore di morte cellulare.