Le sonde per l'enumerazione dei cromosomi sono progettate per l'identificazione e l'enumerazione dei cromosomi umani. nelle cellule in interfase e come complemento alla cariotipizzazione standard nelle metafasi. Queste sonde producono segnali nitidi e luminosi specifici per ogni singolo cromosoma. 

Poiché diversi cromosomi condividono le stesse sequenze ripetitive che danno luogo a segnali di ibridazione incrociata, non possono essere differenziati da sonde specifiche per il centromero. Questi cromosomi possono invece essere identificati da sonde specifiche marcate direttamente che ibridano in prossimità delle rispettive sequenze di DNA satellite o di altri loci cromosomici specifici.

La sonda 21q22 ibrida con la cosiddetta regione critica della sindrome di Down su 21q22.13-q22.2, comunemente duplicata nei casi di trisomia 21 parziale. La regione a 21q22 comprende la DSCR4 (Down syndrome critical region 4). Poiché i cromosomi 13 e 21 condividono le stesse sequenze ripetitive, non possono essere differenziati da sonde che rilevano le ripetizioni specifiche del centromero.