SNPXplex®: Verifica indipendente dell’identità dei campioni per NGS
Verifica dell'identità dei campioni
SNPXplex® — Verifica indipendente dell'identità dei campioni per NGS
SNPXplex® è un kit di verifica dell'identità destinato ai laboratori che eseguono sequenziamento dell'esoma intero (WES), sequenziamento del genoma intero (WGS) e pannelli di malattie ereditarie. Genera un profilo genetico in modo indipendente dall'analisi NGS primaria, consentendo ai laboratori di confrontare i genotipi e di indagare eventuali scambi di campioni.
Il saggio combina la genotipizzazione simultanea di 15 polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) mediante PCR multiplex fluorescente allele-specifica con la determinazione del sesso. Sviluppato a partire da una tecnologia brevettata dall'Assistance Publique – Hôpitaux de Paris (AP-HP) e prodotto da BioXtal, SNPXplex® è utilizzato dal 2017. Le informazioni attuali del distributore indicano che più di 100.000 risultati di sequenziamento NGS sono stati messi in sicurezza con questo approccio.
Genotipizzazione indipendente di 15 SNP
Un unico reagente pronto all'uso amplifica 15 marcatori SNP mediante PCR multiplex fluorescente allele-specifica, insieme a un marcatore di determinazione del sesso. L'analisi capillare fornisce un profilo da confrontare con i genotipi NGS corrispondenti.
Si tratta di un controllo di identità del campione; non sostituisce l'analisi delle varianti associate a malattie.
WES, WGS e pannelli mirati
SNPXplex® può essere utilizzato parallelamente al sequenziamento dell'esoma, al sequenziamento del genoma intero e ai pannelli mirati, inclusi i flussi di lavoro basati su cattura e su ampliconi.
Per i test di malattie ereditarie, i laboratori possono utilizzare il profilo indipendente per verificare la concordanza con i dati di sequenziamento, a condizione che i loci SNP rilevanti siano coperti e chiamabili nel saggio NGS.
Flusso di lavoro e strumentazione
Combinate il DNA del paziente con SNPXplex®, eseguite la PCR multiplex e analizzate i prodotti su un sequenziatore capillare con rilevazione 6-FAM™. È richiesto un termociclatore.
Il depliant del fornitore indica 2 h 45 min per la PCR e meno di 1 h per la separazione capillare, seguite dall'analisi bioinformatica.
Confronto dei genotipi
Confrontate i genotipi di SNPXplex® e NGS per ogni paziente ed esaminate la serie di campioni alla ricerca di profili condivisi.
Il fornitore riporta una probabilità che due pazienti condividano un profilo all'interno di una serie di 96 campioni di <5 % per tutte le origini combinate e di <0,2 % per i pazienti di origine europea. Si tratta di probabilità di profili condivisi, non di tassi di errore del saggio.
Compatibilità dei campioni e conservazione
Il depliant del fornitore riporta una validazione con coltura cellulare, sangue, plasma e tessuto FFPE. Conservate il reagente a −20 °C; può essere tenuto a temperatura ambiente fino a 8 giorni, al riparo dalla luce.
Formati di kit disponibili
Valutate SNPXplex® per il vostro flusso di lavoro di sequenziamento
Il nostro team tecnico può assistervi nella selezione del kit e nell'accesso alla documentazione tecnica. Consultate le istruzioni per l'uso applicabili relative alla quantità di DNA in ingresso, alle impostazioni degli strumenti e alla manipolazione dei reagenti.