La chromatographie d'affinité repose sur la fixation spécifique et réversible d'une protéine à un ligand lié à la matrice, on parle alors de résine d'affinité. Le ligand peut soit se lier directement à la protéine d'intérêt ou à un tag qui est attaché de manière covalente à la protéine (Histidine, GST ...). La chromatographie d'affinité est souvent la procédure de purification la plus robuste et est généralement utilisée dans les premiers stades de la méthode de purification. En fonction de l'application en aval, la purification par affinité peut être la seule étape de chromatographie nécessaire pour atteindre une pureté adéquate.

Les gels LEctPROFILE sont des gels de chromatographie d'affinité où les lectines sont immobilisées sur une matrice de Sépharose 4B à écoulement rapide. Les glycoconjugués peuvent être récupérés par compétition avec le monosaccharide inhibiteur spécifique de la lectine. Les gels LEctPROFILE sont utilisés pour la purification des glycoconjugués avec des résidus de N-glycanes spécifiques.