SarcomaFusion Kit – 16 reactions

Le SarcomaFusion est un test de diagnostic moléculaire conçu pour préparer des banques de séquençage destinées à la détection de transcrits de fusion associés aux sarcomes. Le test repose sur une approche de RT-PCR dépendante de la ligation, basée sur des paires de sondes oligonucléotidiques spécifiques, et comprend un contrôle interne GAPDH.

En ciblant 210 gènes, le SarcomaFusion permet de détecter des transcrits de fusion associés à plus de 80 types de tumeurs osseuses et des tissus mous. Le test peut être réalisé à partir d'ARN total extrait de tissus tumoraux ou de biopsies frais, congelés ou fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE).

Le workflow comprend les étapes de transcription inverse, d'hybridation de sondes oligonucléotidiques spécifiques, de ligation et d'amplification par PCR avec incorporation de codes-barres moléculaires et d'adaptateurs de séquençage. Aucune purification n'est nécessaire avant la préparation de la banque, ce qui limite les pertes de matériel et permet l'analyse d'échantillons contenant potentiellement de l'ARN dégradé, notamment les échantillons FFPE.

Les banques de séquençage obtenues sont purifiées, quantifiées puis séquencées sur des plateformes Illumina MiSeq ou NextSeq 500/550 compatibles. Les fichiers FASTQ générés sont analysés à l'aide du logiciel Genexpath RT-MIS pour le démultiplexage, l'identification et la quantification des séquences associées aux fusions.

• Test moléculaire pour la détection des transcrits de fusion associés aux sarcomes
• Technologie de RT-PCR dépendante de la ligation
• Cible 210 gènes
• Couvre les transcrits de fusion présents dans plus de 80 types de tumeurs osseuses et des tissus mous
• Compatible avec les échantillons tumoraux frais, congelés et FFPE
• Conçu pour l'ARN total extrait de tissus tumoraux ou de biopsies de sarcomes
• Nécessite 50 à 500 ng d'ARN par échantillon
• Des séquences cibles courtes d'environ 40 à 60 bases permettent l'analyse d'ARN potentiellement dégradé
• Aucune purification requise avant la préparation de la banque de séquençage
• Comprend un contrôle positif interne GAPDH
• Les codes-barres moléculaires permettent le multiplexage des échantillons sur une même Flow Cell de séquençage
• Compatible avec les plateformes de séquençage Illumina MiSeq et NextSeq 500/550
• Données FASTQ analysées à l'aide du logiciel RT-MIS
• Génère des rapports d'analyse indiquant la présence ou l'absence de transcrits de fusion
• Destiné au diagnostic in vitro
• Réservé à un usage professionnel

1. Transcription inverse : L'ARN total est converti en ADN complémentaire (ADNc) par une réaction de transcription inverse.
2. Hybridation des sondes : Des sondes oligonucléotidiques spécifiques s'hybrident aux séquences cibles.
3. Ligation : Les paires de sondes hybridées sont ligaturées afin de générer des produits correspondant aux séquences de fusion ciblées.
4. Amplification et codage par codes-barres : Les produits de ligation sont amplifiés par PCR avec incorporation de codes-barres moléculaires spécifiques de chaque échantillon et d'adaptateurs de séquençage.
5. Purification : Les banques de séquençage amplifiées sont purifiées à l'aide de billes magnétiques AMPure XP.
6. Quantification des banques : Les banques purifiées sont quantifiées par fluorimétrie à l'aide du test Qubit dsDNA HS.
7. Pooling et séquençage : Les banques sont diluées, regroupées puis séquencées sur des plateformes Illumina MiSeq ou NextSeq 500/550 compatibles.
8. Analyse des données : Les fichiers FASTQ sont analysés avec Genexpath RT-MIS pour le démultiplexage, l'identification et la quantification des séquences associées aux fusions.

GEP-SF16

Kit SarcomaFusion – 16 réactions