Transcriptase inverse de haute fidélité (RT)

Transcriptase inverse de haute fidélité (RT)

Plus grande thermostabilité, processivité et fidélité que les transcriptases inverses rétrovirales


Propriétés enzymatiques et activité novatrice:

  • Une thermostabilité, une processivité et une fidélité supérieures à celles des transcriptases inverses rétrovirales, permettant une synthèse complète d'ADNc de bout en bout à partir d'ARN hautement structurés ou fortement modifiés (par exemple ARNt) et d'ARN contenant des expansions répétées riches en GC.
  • Nouvelle activité de commutation de matrice de bout en bout qui permet la fixation d'adaptateurs RNA-seq ou PCR pendant la transcription inverse et élimine le besoin d'une étape de ligature d'adaptateur séparée. Cette activité de changement de matrice facilite grandement la construction de banque RNA-Seq avec moins de biais que les procédures employant une amorce hexamère aléatoire ou utilisant l'ARN ligase pour la ligature de l'adaptateur.
  • Synthèse efficace d'ADNc à partir d'amorces hybridées. L'amorce doit avoir une Tm prédite supérieure à 60°C. Une pré-incubation de l'enzyme avec le substrat dans le mélange réactionnel pendant 30 minutes à température ambiante et l'initiation de la réaction par addition de dNTP sont recommandées. Les conditions optimales pour de nouvelles applications devraient être déterminées en testant une gamme de concentrations de sel de 25 à 450 mM de NaCl.

Référence
Conditionnement
10 ul
50 ul
5 x 50 ul
10 x 50 ul



Avantages de l'enzyme:

1. Profil complet du transcriptome spécifique au brin.

TGIRT®-seq d'échantillons d'ARN humain universel fragmenté et ribodéplété, récapitule l'abondance relative des transcrits humains et des spicules de manière comparable à TruSeq v2 et mieux que le Tru-Seq v3. TGIRT®-seq est significativement plus spécifique au brin que TruSeq v3 et élimine les biais d'échantillonnage dus à l'amorçage aléatoire des hexamères inhérents à TruSeq. TGIRT®-seq montre une couverture génique 5 'à 3' plus uniforme et identifie plus de jonctions d'épissage que TruSeq. TGIRT®-seq permet le profilage simultané des ARNm et des lncRNA dans le même ARN-seq que les petits ARNnc structurés, y compris les ARNt, qui sont essentiellement absents des ensembles de données TruSeq.

2. ARN-seq d'ARN de cellules entières, exosomal, du plasma et autres ARN extracellulaires.

Temps de traitement rapide (<5 h pour la construction de la banque d'ARN-seq à travers l'étape de PCR); nécessite de petites quantités d'ARN; des profils de transcription complets comprenant des ARNm et des ARNInc conjointement avec de petits ARNnc, y compris des lectures complètes d'ARNt, de pré-ARNmi et d'autres petits ARNnc structurés; moins de biais et une plus grande spécificité de brin que les méthodes conventionnelles.

3. La construction de la banque RNA-seq via la commutation de modèles TGIRT® dans des méthodes telles que RIP-seq, HITS-CLIP, IRCLIP, CRAC, le profilage des ribosomes.

Temps de traitement rapide (<5 h pour la construction de la banque d'ARN-seq à travers l'étape de PCR); nécessite de petites quantités d'ARN; ne nécessite pas d'ARN ligase, est moins biaisé et plus efficace en ayant moins d'étapes dans la procédure.

4. Une thermostabilité, une processivité et une activité de déplacement de brin supérieures à celles des RT rétrovirales.

Permet la construction de banques ARN-seq d'ARN polyadénylés en utilisant une amorce oligo (dT) ancrée avec une couverture 5 'à 3' plus uniforme que les RT rétrovirales sans étape de ribodépletion.
Permet la cartographie de la structure de l'ARN par des méthodes basées sur l'électrophorèse capillaire comme la cartographie de la structure SHAPE ou DMS avec des longueurs de lecture significativement plus longues et moins d'arrêts prématurés que pour les RT rétrovirales.
Permet l'analyse de séquences d'ARN contenant des expansions répétées riches en GC.
Permet la synthèse d'ADNc complets de bout en bout à partir d'ARNt et d'autres petits ARNn structurés / modifiés, réfractaires aux RT rétrovirales.

5. ssDNA-seq du plasma humain et des ADN génomiques de E. coli.

Capture les fragments d'ADN par une procédure plus simple en initiant la synthèse d'ADN directement à l'extrémité 3 'd'un brin d'ADN tout en attachant simultanément un adaptateur ADN-seq sans réparation, queue ou ligature. Permet l'analyse du positionnement des nucléosomes, des sites de liaison aux facteurs de transcription, des sites de méthylation de l'ADN et des tissus d'origine.