Het mesothelin-gen codeert een 69-kDa precursoreiwit dat wordt verwerkt tot een 40-kDa glycosylfosfatidylinositol (GPI)-geankerd eiwit, de rijpe mesothelin, aanwezig op het celoppervlak. De biologische functie ervan is niet bekend, maar recente studies hebben aangetoond dat het een sterk en specifiek complex vormt met MUC16; een binding waarvan is gesuggereerd dat het de basis van eierstokkanker metastase. Mesothelin is aanwezig op normale mesotheliale cellen die het borstvlies, het buikvlies en het hartzakje bekleden. In tumoren, overexpressie van mesothelin is waargenomen in mesotheliomen en andere tumoren waaronder eierstokken, pancreascarcinomen en cholangiocarcinomen. Door het gebruik van immunotoxine gerichte immunotherapie is mesothelin ook gemeld als een nieuw therapeutisch doelwit bij verschillende soorten kanker, zoals humaan cholangiocarcinoom.