Muizenembryonale stamcellen (mESCs) zijn een veelgebruikte diermodel in stamcelonderzoek en ontwikkelingsbiologie. mESCs worden meestal geïsoleerd uit blastocysten die afkomstig zijn van de binnenste celmassa van 3,5 dagen oude embryo's en hebben het potentieel om alle celtypen in het lichaam te genereren. Ze kunnen worden gekweekt in serumvrije media, zonder voederlaag, in de aanwezigheid van leukemie-inhibitorfactor (LIF) en botmorfogenetisch eiwit (BMP)-4, waardoor ze een uitstekend model zijn.

mESCs zijn een zeer goed hulpmiddel om veel aspecten van de cel- en ontwikkelingsbiologie te begrijpen, zoals de regulatie van de celcyclus, celinteracties tijdens de ontwikkeling en de controle van genexpressie. mESCs zijn een belangrijk systeem om stamcel- en weefselbiologie te begrijpen en om transgene of knockout-muizen te creëren, die worden gebruikt als in vivo ziektemodellen, door homologe recombinatie. Recente toepassingen van mESCs zijn onder andere de identificatie van factoren die pluripotentie behouden, onderzoek naar menselijke genetische ziekten, de identificatie van nieuwe differentiatiefactoren en kankerbiologie.