LymphoTranscript voor de detectie van meer dan 50 fusietranscripten

De genetica van perifeer T-cellymfoom (PTCL) is complex en omvat talrijke recurrente fusietsensoren die de afgelopen jaren zijn geïdentificeerd door middel van high-throughput sequencing. Ondanks deze vooruitgang is er nog steeds geen betaalbare en snelle methode beschikbaar voor de gelijktijdige detectie ervan in klinische monsters.

De LymphoTranscript maakt de detectie mogelijk van fusietranscripten die geassocieerd zijn met perifeer T-cellymfoom in één enkele test. Het is een kosteneffectieve assay.

De assay maakt gebruik van een ligatie-afhankelijke RT-PCR-methode (LD-RT-PCR), een semikwantitatieve techniek die de gelijktijdige analyse van chromosomale translocaties en somatische mutaties mogelijk maakt. Dit wordt bereikt door het gebruik van oligonucleotidensonde-paren die specifiek zijn ontworpen om zich op elke merker te richten.

Een eenvoudig en snel protocol 

De in vitro-test omvat vier stappen, met een totale duur van ongeveer een halve dag, inclusief 1 tot 1,5 uur hands-on tijd.

De NGS-sequencing vereist slechts 100.000 reads per monster.

Daarnaast kan de LymphoTranscript-test worden gesequenced samen met andere libraries, waarbij barcodes in de kit worden meegeleverd.

Analyse na sequencing 

Na sequencing vergemakkelijkt het online analyseplatform RT-MIS de geautomatiseerde analyse van FASTQ-bestanden. Vervolgens genereert het een lijst van gedetecteerde fusies in het biologische monster, samen met de bijbehorende kwantitatieve gegevens. RT-MIS biedt ook de relevante bibliografie voor deze fusies.

Hierdoor biedt RT-MIS een eenvoudige, snelle en veilige oplossing voor gebruikers.

Kenmerken van LymphoTranscript 

 
Toepassingsdomein Detectie van fusietranscripten
Handelingstijd ≃4 uur vóór sequencing
Type monsters Verse, bevroren of gefixeerde en in paraffine ingebedde weefselbiopsieën
Inputhoeveelheid Tussen 50 en 500 ng in een volume van 2μL
Inhoud van de reagenskit Sondes gericht op fusietranscripten, somatische mutaties en het HTLV1-virus, barcodes, sequencingprimers

 

Productdetails 

 

Cat.nr. Beschrijving Verp.
GEP-LT08 LymphoTranscript Kit  8 reacties 
GEP-LT16 LymphoTranscript Kit 16 reacties 
GEP-LT24 LymphoTranscript Kit  24 reacties