As amígdalas, conjuntos de órgãos linfoides voltados para o trato digestivo, são a primeira defesa do sistema imunológico contra patógenos estranhos e ajudam a prevenir infecções respiratórias e gastrointestinais. As amígdalas incluem a amígdala adenoide, duas amígdalas tubáricas, duas amígdalas palatinas e as amígdalas linguais. As amígdalas possuem células especializadas para capturar antígenos em sua superfície, chamadas células M, que ajudam a absorver os antígenos produzidos pelos patógenos. Essas células M então alertam as células B e T subjacentes na amígdala sobre a presença de um patógeno e uma resposta imunológica é estimulada. Células endoteliais, células epiteliais e fibroblastos são componentes essenciais necessários para o funcionamento normal do sistema de amígdalas. Mudanças na proliferação e regulação celular dentro do sistema de amígdalas levam ao desenvolvimento de amigdalite e hiperplasia adenotonsilar.