As sondas de enumeração de cromossomas são concebidas para identificação e enumeração de cromossomas humanos em células interfásicas e como coadjuvante do cariotipado padrão em metafases. Estas sondas produzirão sinais nítidos e brilhantes específicos para cada cromossoma individual. 

Como vários cromossomas partilham as mesmas sequências repetitivas resultando em sinais de hibridação cruzada, não podem ser diferenciados por sondas centrómeros específicos. Em vez disso, estes cromossomas podem ser identificados através da hibridação directa de sondas específicas rotuladas em proximidade das respectivas sequências de ADN de satélite ou de outros loci específicos dos cromossomas.

A sonda 21q22 hibridiza à chamada Região Crítica da Síndrome de Down em 21q22.13-q22.2 geralmente duplicada em casos com trissomia parcial 21. A região em 21q22 inclui a DSCR4 (Down syndrome critical region 4). Uma vez que os cromossomas 13 e 21 partilham as mesmas sequências repetitivas, não podem ser diferenciados por sondas que detectam repetições específicas do centrómero.