Les kits ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) permettent un profilage rapide de l’accessibilité de la chromatine à l’échelle du génome grâce à l’utilisation d’une transposase Tn5 hyperactive qui fragmente simultanément l’ADN et insère des adaptateurs de séquençage dans les régions de chromatine accessibles. Cette approche génère des librairies prêtes pour le séquençage à partir de noyaux isolés ou de cellules perméabilisées, fournissant des cartes haute résolution de la chromatine ouverte, de l’enrichissement au niveau des sites d’initiation de la transcription (TSS) et du positionnement des nucléosomes. Les flux de travail simplifiés sont compatibles avec les analyses en vrac (bulk), à faible quantité d’échantillon et à l’échelle monocellulaire.

Principaux avantages

• Flux de travail rapide et efficace : la transposition et l’intégration des adaptateurs sont réalisées en une seule réaction, réduisant considérablement le temps de préparation des librairies.
• Haute sensibilité et haute résolution : permet l’identification des promoteurs, des amplificateurs (enhancers) et d’autres éléments régulateurs, tout en fournissant des informations sur la taille des fragments à l’échelle du nucléosome.
• Compatibilité avec de faibles quantités d’échantillons et les approches monocellulaires : des protocoles optimisés prennent en charge des applications allant de quelques centaines de cellules aux flux de travail avancés de single-cell ATAC-seq utilisant des technologies de microgouttelettes ou d’indexation combinatoire.
• Large compatibilité avec les échantillons : adapté aux lignées cellulaires en culture, aux cellules primaires, aux populations cellulaires triées, aux tissus congelés et à d’autres échantillons biologiques complexes.
• Intégration multiomique : peut être facilement combiné avec le RNA-seq, le CUT&Tag et d’autres approches épigénomiques afin d’obtenir une compréhension plus complète des mécanismes de régulation génique.

Applications

• ATAC-seq en vrac (Bulk ATAC-seq) : identification des régions de chromatine présentant une accessibilité différentielle et des éléments régulateurs dans diverses conditions biologiques.
• Analyse à faible quantité d’échantillon et de cellules rares : profilage de l’accessibilité de la chromatine à partir d’un nombre limité de cellules ou d’échantillons cliniques précieux.
• Single-cell ATAC-seq : caractérisation des paysages chromatiniens spécifiques aux types cellulaires, de l’hétérogénéité cellulaire et des trajectoires de développement.
• Études multiomiques : intégration avec les données CUT&Tag, RNA-seq et Hi-C afin d’obtenir une vision approfondie des réseaux de régulation génique.
• Recherche sur l’architecture de la chromatine : étude du positionnement des nucléosomes, du remodelage de la chromatine et des mécanismes de régulation épigénétique.