Chromosomenzählsonden sind für die Identifizierung und Zählung menschlicher Chromosomen in Interphasezellen und als Ergänzung zur Standard-Karyotypisierung in Metaphasen bestimmt.  Das Chromosom X & Y Die Kontrollsonde hybridisiert in der Nähe der zentromerischen Region von Chromosom X und Chromosom Y und wird mittels Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung orange und grün markiert. Das Chromosom X & Y Kontrollsonde ist ideal für die Auszählung von Chromosom X und Chromosom Y. In einem normalen Interphasenkern werden bei der Verwendung von Chromosomenauszählungssonden, die spezifisch für Autosomen sind, zwei Signale erwartet. Die Verwendung von Chromosom-Y-spezifischen Sonden führt bei normalen männlichen Zellen zu einem Signal und bei normalen weiblichen Zellen zu keinem Signal. Die Verwendung von Chromosom-X-spezifischen Sonden führt bei normalen männlichen Zellen zu einem Signal und bei normalen weiblichen Zellen zu zwei Signalen pro Zellkern. Other signal patterns indicate numerical aberrations of the respective chromosome.