Synaptofysine is een synaptisch blaasjesglycoproteïne dat gebruikt wordt bij de synaptische overdracht van neuronen. Synaptofysine is een calciumbindend en integraal membraanglycoproteïne dat aanwezig is in presynaptische blaasjes in bijna alle neuronen. Synaptofysine heeft vier transmembraandomeinen en vormt een complex met dynamine bij hoge calciumconcentraties, wat wijst op een betrokkenheid bij de endocytose van synaptische blaasjes. Het is ook betrokken bij de regulering van synaptische plasticiteit op korte en lange termijn. Synaptofysine is momenteel de meest gebruikte marker voor zenuwuiteinden en voor de differentiatie van neuro-endocriene tumoren. Mutaties in het gen kunnen leiden tot mentale retardatie, X-gebonden 96. Anti-Synaptofysine kleurt het gastro-intestinale slijmvlies en de neuro-endocriene cellen van de menselijke bijniermerg, carotis, pancreas, hypofyse, huid en schildklier. Synaptofysine geeft ook vlekken op neuro-endocriene neoplasmen. Het gebruik van anti-Synaptofysine veroorzaakt een diffuse, fijnkorrelige, cytoplasmatische kleuring. De aanwezigheid van synaptofysine correleert niet met neuron-specifieke enolase of andere neuro-endocriene markers.