Methanol is een fundamenteel polair protisch oplosmiddel in biochemie en moleculaire biologie, zeer gewaardeerd om zijn vermogen om polaire en sommige niet-polaire biomoleculen op te lossen en belangrijke extractie- en precipitatieprotocollen mogelijk te maken.

Chemische eigenschappen

Methanol (CH₃OH) heeft een tetraëdrische structuur met sp³-hybridisatie aan koolstof en zuurstof, wat resulteert in een C-O-H-bindingshoek van ongeveer 108,5° door de afstoting van het eenzame elektronenpaar aan zuurstof. Het kookt bij 64,7 °C, bevriest bij –97,6 °C en heeft een dichtheid van 0,792 g/mL. De hoge mengbaarheid met water en diëlektrische constante van 32,6 ondersteunen efficiënte waterstofbruginteracties in waterig-organische oplosmiddelsystemen.

Als primair alcohol kan methanol enzymatisch worden geoxideerd tot formaldehyde en formiaat via de alcoholdehydrogenase- en aldehydedehydrogenase-routes. Laboratoriumkwaliteit methanol (zoals HPLC- of ACS-kwaliteit) wordt echter gezuiverd om verstorende bijproducten te minimaliseren die gevoelige analytische assays kunnen beïnvloeden.

Biochemische toepassingen

In de lipidebiochemie wordt methanol vaak gebruikt in de Folch-extractiemethode (chloorform:methanol-mengsels zoals 2:1 v/v) om biologische membranen te verstoren en de isolatie van fosfolipiden en glycolipiden mogelijk te maken voor dunne-laagchromatografie of massaspectrometrie-analyse.

Methanol wordt ook toegepast in moleculairbiologische protocollen voor de precipitatie van nucleïnezuren, vaak na ethanol-behandeling (bijv. 70–80 % v/v oplossingen), om de zuivering van DNA en RNA te verbeteren vóór next-generation sequencing-workflows.

In eiwitanalyse-workflows ondersteunt methanol de monstervoorbereiding voor SDS-PAGE door eiwitresolubilisatie te bevorderen en kan het worden gebruikt in ELISA-bufferformuleringen om antigene structuren te stabiliseren zonder significante denaturatie te veroorzaken.