La sinaptofisina es una glicoproteína de las vesículas sinápticas utilizada en la transmisión sináptica de las neuronas. La sinaptofisina es una glicoproteína de membrana integral que se une al calcio y está presente en las vesículas presinápticas de casi todas las neuronas. La sinaptofisina tiene cuatro dominios transmembrana y forma un complejo con la dinamina a altas concentraciones de calcio, lo que sugiere su implicación en la endocitosis de las vesículas sinápticas. También interviene en la regulación de la plasticidad sináptica a corto y largo plazo. La sinaptofisina es actualmente el marcador más utilizado para las terminales nerviosas y para diferenciar los tumores neuroendocrinos. Las mutaciones en el gen pueden provocar retraso mental, ligado al cromosoma X 96. La antisinaptofisina tiñe la mucosa gastrointestinal y las células neuroendocrinas pulmonares de la médula suprarrenal humana, el cuerpo carotídeo, el páncreas, la hipófisis, la piel y el tiroides. La sinaptofisina también tiñe las neoplasias neuroendocrinas. El uso de Anti-Synaptophysin produce una tinción citoplasmática difusa, finamente granular. La presencia de sinaptofisina no se correlaciona con la enolasa neuronal específica ni con otros marcadores neuroendocrinos.